如愿以偿。他本来就想谋取第六镇统制一职，没想到歪打正着，庆亲王主动送上门来。这实在是一个意外的收获。在吴禄贞看来，巡抚虽为封疆大吏，但革命要抓武装，作为一个手握兵权的统制，实比巡抚更好，且保定离北京不远，将来起事也更为有利。
然而，吴禄贞上任后，他一心抓军队的想法却遭到了种种挫折。
第六镇是北洋军的老六镇之一，系袁世凯一手编练，段祺瑞曾几度出任该镇统制。因此，镇内北洋势力盘根错节，吴禄贞到任后处处受制，这让他极为恼火。加上镇内风气腐败，军纪松弛，这也令他难以容忍。于是，到任不久，他便拟定了一个改造计划，并决定头一个便拿第十二协协统周符麟开刀。
周符麟是个老北洋，也是段祺瑞的老部下，在仍是北洋派的人，而吴禄贞举荐的人选到了陆军部便被否决了。这让吴禄贞大为失望，遂萌生退意。此后，他便常常住在北京家中，很少去保定，镇里的事也不大过问了。
滦州秋操举行时，第六镇也奉命参加。吴禄贞觉得机会来了，便暗中联络张绍曾、蓝天蔚，计划借秋操发动起义。就在这期间，武昌起义发生。清军大举南下，11月1日，北洋军攻陷汉口。同日，袁世凯被任命为内阁总理大臣。就在南方战事对革命党不利的情况下，10月29日，新军第二十镇统制张绍曾忽然屯兵滦州发动兵谏。滦州靠近北京，一旦有变将危及中枢。于是，朝中风声鹤唳，就连正在孝感督师的袁世凯也大吃一惊。为了化解危机，朝廷先后派了几拨人前往滦州劝说张绍曾改弦更张，均不见效，后来病急乱投医，竟把吴禄贞也派去宣慰了。
派吴禄贞去滦州，据说是良弼的主意。尽管当时陆军部对吴禄贞心存戒备，可良弼却对吴笃信无疑，且对他寄予厚望。然而良弼这一次找错人了，吴禄贞是比张绍曾更激进的革命者，派他去滦州只能适得其反，使事态进一步扩大。
果然，吴禄贞风风火火赶到滦州，一见面就鼓动张绍曾，放弃兵谏，直接起义。他对张绍曾说：“你若听从我的计划，联军进攻北京，此时早已推倒了清廷，偏要立宪有甚么用？现在虽然晚了一步，趁着袁世凯任职不久，部署未定，全部精力和兵力，都用在征讨武汉之际，机会还是有的。你和秀豪（蓝天蔚字）、卢永祥三军日内出发，合力进攻北京。京里仅有禁卫军不堪一击，其他军队都去南征，调不回来，北方可以不战而定。”
在滦期间，吴禄贞还制定了具体的进军部署：以滦州二十镇为第一军，奉天蓝天蔚部为第二军，新屯卢永祥为第三军，三军齐发，会师丰台以逼北京。
可是，张绍曾对这一计划迟疑不决，下不了决心，他对吴禄贞说：“这事我得和部下们商议一下，看他们的意思如何。”
吴禄贞与张绍曾虽系知己，且都倾向革命，但两人无论性格，还是思想都有差距。吴禄贞夙抱种族革命思想，性情急躁，恨不能一下子就推倒满清统治，而张绍曾为人谨慎持重，特别是受康梁学说影响很深，认为具有千年帝制历史的中国，一旦推翻皇帝，改为共和政体，恐与民情不甚适合，不如君主立宪更合国情。这种性格和思想上的分歧，表现在行动中便导致了不同的结果。
张绍曾后来把手下两个协统潘矩楹、伍祥桢找来商量，可两人都态度暧昧，会议开了半天，毫无结果。然而，消息却走漏了出去。有回忆称是潘矩楹悄悄向袁世凯告了密。于是，袁世凯紧急布置，先是将滦州铁路上所有车辆都调回北京，防止二十镇利用铁路向北京开拔，接着又设法将吴禄贞调离滦州，把他与张绍曾分隔开来。
11月3日，朝廷电令吴禄贞率第六镇留守石家庄部队开赴娘子关，平定山西起义。吴禄贞接到电令后，对张绍曾等人说：“朝廷要我打山西，我是不干的，我劝你们攻北京，自己怎么能去打山西呢？”不过，他认为，这个机会倒可以利用。此去娘子关，正好可以联络阎锡山，组织燕晋联军，从西边发动，而滦州部队从东边拔队，两边夹击，北京指日可下。临行前，他嘱咐张绍曾等待他的消息，切不可再有迟疑。
吴禄贞离滦后，立即奔赴石家庄，开始酝酿组织燕晋联军。部已先期进驻。考虑到一协兵力单薄，不敷使用，良弼特调京旗第一镇第一协宫长贵部随同前往，以供吴禄贞调遣。早在滦州秋操时，吴禄贞策划反清起义时，就深感力量不足。他虽为第六镇统制，但镇内可以依靠的骨干并不多。由于长期不到镇里，与官兵们也日渐疏远。兵到用时，不能得心应手，这使吴禄贞颇感焦虑。为了控制部队，他急邀京津、奉天等地陆军同学速来保定，以为臂助。李书城回忆说，当时，吴禄贞也邀他前往襄助，可他刚到保定，载涛的电报就来了，要他速去南方。吴禄贞很是遗憾。临别前，他与李书城一边叙话，一边对着镜子感叹道：“我简直是一个倒霉的相！”
从这句话流露出的急切、惆怅的语气，不难看出他当时的心情。不过，堪差告慰的是，在他的邀请下，一些陆军同学先后赶来。其中有奉天陆军小学堂总办张世膺（被吴任命为联军参谋长）、禁卫军马队