不惊叹。他们上奏朝廷，对汤若望高度赞誉。皇帝也下诏褒奖，谕云：“旧法岁久自差，非官生推算有误，新法既密合天行，监局宜学习勿怠玩。”这是对汤若望的新法天算的充分肯定。
满人敬天畏天，对天算人才充满敬意。在他们看来，深谙天象之人也能通晓尘世的一切，而历法的良善也关系到社稷的千秋万代。因此，汤若望的地位得到确立，并受到清王室的尊崇。在准确预测日食三个月后，朝廷还决定授予汤若望钦天监监正一职。朝旨云：汤若望掌钦天监监印，该监所有人员和事务悉听调遣。
钦天监是观察天象，推算节气，制定历法的官方机构，监正为最高长官。对于这项任命，汤若望一再推辞。因为他的主要任务是传教而非其他，故而不想把过多的精力耗费于官场。可是，朝廷并不准许。有人甚至善意地提醒他，不要一再坚辞，因为这样很可能会被误解为他仍然效忠于前朝。汤若望只好接受了任命，成为第一个由西方人出任的掌管国家历法的最高官员，而从一个受聘的外籍专家到朝廷命官，这无疑是一个根本的转变。
顺治二年（1645年）十一月，经过数次修订，在汤若望主持下，修编完成了《时宪历》一百卷，由清政府批准实行，而汤若望修历有功，朝廷特加太常寺卿衔，以资褒奖。此后他不断获封。先是受封通政使司通政史(正二品，服俸加二级)，后又诰封为光禄大夫，恩赏其祖先三代一品封典。应该说，这是汤若望最辉煌最荣耀的时期。
然而，谁也想不到的是，进入康熙朝后，仅仅几年时间，他便从天上跌落地下。一桩因历法而起的大案使他锒铛入狱，险些人头落地，而这桩大案的发起者就是杨光先。
杨光先是明末清初反西教的急先锋。有人总结他一生干过两件大事，一是劾权贵，一是尊圣学。前者是指他崇祯十年（1637年）抬棺弹劾温体仁和陈启新，后者便是指他反教排教，发起康熙四年（1665年）的历法大案。两者相比，无论持续时间长短，还是影响大小，前者都无法与后者相比。有人鼓吹说：“先生之奇，不在于劾权贵，而在于尊圣学。”称他参劾西教的奏疏是“生民以来，圣圣相传”，“诚古今来不再见之鸿文，真足与天地并垂不朽”，比汉宋以来的儒学经典“功高百蓗”，“甚至不在孟子下矣”。简直把他捧上了天。
那么，杨光先究竟做了什么，竟受到如此追捧？
事情得从顺治十六年（1659年）说起。此时杨光先已经重新来到北京。如果说，在他来京之前经过了一段消沉，那么，从顺治十六年（1659年）起，他的知名度陡然增高，原因就在于从这段时间起，他开始着手他的所谓“尊圣学”的事业，并于康熙四年（1665年）掀起了一场轰动全国、震惊世界的排教大案。
杨光先反对西教由来已久。这从他的文章中可以明显看到。不过，他的排教活动在明末似乎并不突出，史料记载也不多，直到顺治末年才迅速升级。其口诛笔伐，风云一时，俨然成了反西教的头面人物。
从现有的资料看，杨光先的一系列讨伐“檄文”，包括一些奏章呈文，约二十篇，也大多写于顺治末年和康熙初年。后来这些文章汇辑成册，定名为《不得已》。何为不得已？按杨氏的说法，就是“士大夫者，要主持世道也”。如何主持世道？就是要“正三纲，守四维”。如今洋教盛行，而我举世学者，竟无人敢于纠正。邪教之力，如此之大!照此下去，“三光晦，五伦绝矣”，“此而可已，孰不可已”!这就是他的所谓“不得已也”。也就是说，面对西教猖獗，他不能再沉默了，也不能不站出来说话了。
杨光先的反击开始了。从顺治十六年（1659年）起，他先后写了《辟邪论》《距西集》《摘谬十论》等数篇文章，向天主教发起猛烈的攻击。他在文章中声称，西人耶稣会，非中土圣人之教，“实西域七十二种旁门之下，九十六种邪魔之一”，公然宣称万国均为邪教后裔，这是要灭我中华祖先，其所谓天主、亚当、夏娃等纯系无稽之谈。圣母玛利亚生子耶稣，非婚受孕，居然童身未坏，岂不荒谬至极？男女媾精，万物化生，人之常道也。世间惟禽兽知母而不知父，可耶稣邪教竟有如此荒诞不经之说！他还指责耶稣是“叛国渠魁”，事败正法，钉于十字架上，本是大快人心，可其邪心不死，居然三日复生，这不是愚弄信徒，胡说八道吗？他还把当时著名的传教士和中国信徒，如南怀仁、安文思、潘进孝、许之渐、许谦等人，逐一点名，痛加批判。
在火力对准天主教的“荒唐教义”和“歪理邪说”的同时，他还从历法入手，对汤若望等传教士毫不留情，大加挞伐，指控他们“假以修历为名，阴行邪教。延至今日，逆谋渐张”。他还责骂徐光启为“邪臣”，因为就是他违反海禁之令，把汤若望等举荐于朝，才使他们有了今天的地位。为了引起官方警觉，他还从国家安全的角度大声疾呼，指出惑众妖书公开刊行，邪教徒分布各省咽喉，结交士大夫为羽翼，煽动诱骗小人为爪牙，受蒙蔽者越来越多，像水从高处流下，可“朝廷不知其故，群工畏势不言，